先秦時期肇慶屬南越。隋開皇九年（公元589年）省高要郡為縣，置端州，領高要、端溪、平興、樂城、清泰5縣。宋重和元年（公元1118年），宋徽宗趙佶因即位前曾封端王，故親賜御書，將端州改為肇慶，意為“喜慶吉祥之始”，肇慶之名自此沿用至今，元為路治，明、清為府治。中華人民共和國成立后，肇慶一直是高要縣、肇慶市人民政府和肇慶地區(qū)行政公署的駐地。1988年3月，肇慶改為省轄市。

截至2023年12月31日，肇慶市下轄3個市轄區(qū)（端州區(qū)、鼎湖區(qū)、高要區(qū)）、1個縣級市（四會市）、4個縣（廣寧縣、懷集縣、封開縣、德慶縣）。